二條城流血事件次日，京都附近幾個藩的援軍陸續趕來，讓幕府總算有了可供調遣的人馬，德川家綱便下令京都地區進入戒嚴狀態，同時對近期製造事端，傳播流言的流浪武士進行搜捕。
這無疑進一步加劇了京都的緊張局勢，為免受到波及，難民中的一部分人開始逃離京都，另一部分人則是選擇了前往本地的各處庇護所，希望能夠避開這一輪大亂。
而京都本地民眾的生活也受到了極大的影響，絕大部分的商鋪作坊都選擇了關門歇業，街上行人也變得稀少，城區到處是一片蕭條景象。
前往難民營執行搜捕任務的是德川家綱的近衛軍，堪稱是幕府軍中的精銳，雖然人數不多，但裝備十分精良，且都是幕府武士出身，戰鬥力和忠誠度都毋庸置疑。
只是這支精銳到了京都南部的難民營卻撲了個空，原本收容了數萬難民的營區，如今卻只有百十來號人了。
這裡僅剩下一些行動困難的傷病號，但凡身體健全能夠走動的人，都已經聽到了幕府要抓捕難民的風聲，主動提前離開了難民營。
原本預計至少要兩三天才能完成的任務，這下直接就宣告結束了。而且這裡的情況還沒法隨便抓幾個人回去交差，就算傻子也不會信攪亂京都的竟會是這麼一幫老弱病殘。
要知道難民們的去向，當然也不是什麼難事。只是要去這些特殊地點搜捕目標，肯定會遇上一些阻力，只能先彙報情況，請示下一步的行動。
德川家綱聽聞難民最新的聚集地多是寺廟、禪社這類地方，不免也有些頭疼，更何況其中還有御苑和海漢商棧這類不便動手的地方。
但如今架勢都已經做出來了，總不能高高舉起輕輕放下，也還是隻能硬著頭皮，讓麾下部隊繼續執行搜捕任務。不過需要暫時先避開御苑和東海行這兩個敏感地點，以免招惹不必要的麻煩。
德川家綱坐在二條城裡下命令容易，但那些寺廟、禪社又豈是好處理的物件。
這些宗教機構為了維持悲天憫人的形象，必須得給予難民庇護，更何況昨天才發生了嚴重流血事件，哪怕只是裝模作樣，也得出面阻攔上門執行搜捕任務的幕府軍。
而幕府軍得到的指令，並沒有允許他們大開殺戒，反倒是要求他們儘可能控制住事態，避免激化出新的衝突，儘量減少任務過程中的死傷。
所以搜捕行動很快就變成了幕府軍與僧人和神官的對峙，要動用武力降服這些手無寸鐵的人當然不難，但這勢必又將造成更嚴重的矛盾，畢竟這些宗教機構在民間的號召力，可能要比幕府還大得多。
當然如果僅僅只是對峙的程度，還遠不足以讓策動此事的那些人感到滿意。要想讓事態繼續發展，那就必須得讓衝突持續發生。
在難民聚集的東福寺、八坂神社等地，很快就發生了新一輪的流血衝突。
由於場面混亂，衝突的起因已無法查證，但事後在民間流傳的說法非常一致，均稱是幕府軍率先開槍，射殺了阻擋他們進入難民聚集區的神職人員，隨即遭到了部分憤怒民眾的反擊。
開火的究竟是幕府軍，還是躲藏在暗處的浪人武士，那已經不再是事情的重點。
前往東福寺的幕府軍衝破僧侶阻攔後，混亂局面卻在持續擴大，慌不擇路的難民發生了踩踏，有數以百計的人倒地不起。
八坂神社的情況也與之類似，由混亂造成的踩踏事件帶走了至少上百條人命。
執行搜捕任務的幕府軍也不是全無傷亡，在東山慈照寺的搜捕中，他們還真撞見了躲藏在這裡的一群浪人武士，雙方拼殺中至少有二十餘名幕府軍被殺傷，而浪人武士在被包圍之後，也全部力戰而亡，竟無一人被活捉。
這下跟浪人武士一同待在東山慈照寺的幾千難民