儘管長崎奉行小崎佑太已經好些天沒有訊息，各種不利於幕府的傳聞甚囂塵上，但長崎港還是延續了自1570年開埠以來的穩定局面，並未因為執政官的消失就陷入混亂之中。
各國商館依然正常開門營業，似乎他們的生意完全沒有受到小崎佑太失蹤的影響。
葡萄牙人和荷蘭人在長崎做生意的時間已經很長了，所以他們對於可能發生在九州地區的戰事並不是很緊張。用他們的話來說，無論誰控制了長崎，終究都還是要跟外國做生意的，如果長崎換一個主人，或許貿易環境還能較德川幕府統治時期有所改善。
簡而言之，來自西方的商人們並不覺得當下的局勢是壞事，不過如今想要拿下長崎的人太多了，他們也不會急於在這個時候表明立場，繼續觀望才是最穩妥的做法。
至於生活在長崎的漢人，就更是毫無波瀾了。不管他們有沒有正式加入海漢籍，只要是漢人出身，如今都是受到海漢的庇護，九州本地可沒誰敢輕易招惹他們。
漢人的商隊商船，隨便去到九州任何一藩，當地官方都會以上賓之禮相待，甚至大名親自出面接見，派兵全程護送的情況也不在少數。
就算有人要對長崎動手，他們也只需把海漢的雙色旗往門口一掛，這道護身符就可護得一家老小平安了。
所以儘管有傳聞說小崎佑太回不來了，長崎港很可能會由本地某位大名接管，絕大多數人還是會認為這並不是什麼大不了的事情。
而小崎佑太離開長崎時，幾乎帶走了全部的得力干將，以及一多半的駐軍，這簡直就是給後來者掃清了拿下長崎的所有障礙。
所以當熊本藩的武裝艦隊大搖大擺駛入長崎港的時候，沒遭受到任何有組織的抵抗。甚至就連象徵性的警告都沒有發生，熊本軍便順利地登陸上岸了。
正如細川綱利向石迪文誇下的海口，熊本藩的確是為奪取長崎作了很細緻的準備。
熊本軍的目標十分明確，登陸之後並未對城區展開劫掠，而是直接奔赴長崎港的官邸、兵營和倉庫，先行將這些重要單位控制住。
此時的地方官府已經是一個空架子，根本沒人坐鎮指揮，能跑的聽到風聲就已經跑了。加之有熊本藩的內應提前策反，導致小崎佑太留在這裡的百餘名士兵也沒有嘗試反抗，就直接選擇棄械投降了。
長崎港的外國商家在這場短暫的軍事行動中基本都未蒙受損失，僅有少數隸屬於幕府的商戶，在熊本軍控制住局勢之後，便被一一登門查抄財物。
既然已經動手佔領幕府的地盤，那麼自然不會放過幕府名下的各種財產。不過熊本藩的目的是接管長崎而不是搶完就走，今後還要在這裡執政，所以吃相也不能太難看，以免被本地的外國商人看輕。
與此同時，熊本軍在長崎各處張貼告示，宣佈此次佔領長崎只是為了保衛熊本藩的人員和財物，不會干涉本地的商業運營，更不會封鎖港口，一切規矩照舊。
雖然藉口冠冕堂皇，但所有人都明白，長崎其實已經易主，而熊本藩大概也不會主動再將這個地方還給幕府了。
不過這長崎的歸屬是否會就此從“德川”改成“熊本”，那倒也不一定。畢竟盯著長崎這地方的遠不止熊本藩一家，佔下來之後能不能守得住還不好說。
所以絕大多數商家對於長崎的新主人也沒有表現出太多熱情，都是剋制地保持著距離，誰也不能確定熊本軍過兩天會不會又被別家軍隊給趕出去。
熊本軍僅花了一天時間，便基本控制住了長崎港的主要區域，期間也沒有大規模的武裝衝突發生，可以說將影響降低到了最低程度。
不過在此期間，熊本軍倒是抓了不少人，基本都是隸屬於幕府的人員，其中還不乏有之前從九州其他小藩跑來