在對國家的政策上，新政府也使出了高明的手段，並沒去強迫另外地區的軍人也參加政變，而是以利益來誘惑他們，讓他們主動的參加政變，為以後統治全國打下了基礎，同時也避免了更多的戰亂與流血衝突。但是這種辦法並不能徹底的控制印尼的所有地區，為以後局勢的發展埋下了禍根。雖然這種政策能避免暫時的混亂，並且可以迅速的確立自己對全國的統治，但是這種統治只是名義上的統治，而不是實際上的，必然造成軍閥混戰，而且任何軍閥錯誤的行動都將引來外國的幹預，給新政府的生存造成巨大的威脅。所以這種政策是有利也有弊的，至於利大還是弊大，那就只有看發展才知道了。
新政府政策中最為殘酷的就是對印尼共產黨的清洗。這是自二十世紀後，印尼共產黨最黑暗的時期。大量的共產黨員都殺害，幸運的流亡到了國外，不幸的全都遭到了清洗。到清洗結束的時候，有超過50萬的印尼共產黨員被秘密殺害，另外還有40萬的印尼共產黨透過各種渠道流亡國外，而被宣佈為政治犯的共產黨員高大250萬，這些人都被關進了監獄，其中大部分在政變時期被加害，另外都被宣判有叛國罪。最後能活著出來的絕對不超過百分之一。在這大規模的清洗中，印尼共產黨幾乎失去了所有的骨幹，已經名存實亡。而且印尼人民，特別是那些因為原共產黨政府的親華政策而受到傷害的土著居民都對印尼共產黨實亡。之後，印尼共產黨再也沒能恢復過來。
雖然政府是保證不會加害印尼華人，但是所有在印尼的華人都感到了危險。說明瞭，這次軍事政變的主因就是印尼華人在國內擁有於其人口數量不匹配的社會地位。所以針對印尼華人的暴動是隨時可能發生的，而且以現在才處理的新政府來說，是沒有能力控制住一場大規模暴亂的實力。因此在印尼的華人，能想辦法逃離的都逃離了這個不安全的地方，隨他們而走的還有大量的資金，這更加劇了印尼的經濟負擔，如果所有的華人資金都撤離印尼的話，那麼印尼的經濟必然崩潰。而那些沒能力離開，或者&ldo;捨不得&rdo;離開的印尼華人隨時能感到周圍印尼土著居民的敵意，能感到環境的危險，似乎血腥的屠殺場面即將到來了。
2029年3月4日，美國首先表示承認印尼新政府為合法政府，並且準備與印尼新政府建交。而美國也是第一個承認這個透過軍事政變上臺的政府的國家。在美國的帶動下，那些親美的國家都先後表示承認印尼新政府為合法政府。印尼新政府已經在爭取國際社會的支援了。
同日，流亡到中國的印尼原政府成員強烈的譴責了美國這種支援軍事政變的態度，並且表示自己才是印尼合法的政府代表。而中國以及與中國友好的國家都表示仍然會支援印尼原政府，印尼現政府為軍事政變的非法政府。這下，世界分成了兩派，都在為自己的首領，美國與中國搖旗助威。而歐洲與大俄羅斯雖然沒表明自己的態度，但是都分別在背後向中國與美國表示將暗中支援。
美國這麼積極的承認了印尼新政府，是不打自招的在說自己就是在背後支援軍事這邊的幕後黑手。當然，就算美國沒這些行為，任誰都能想到美國在這次事件中所起的作用。美國已經在中東地區取得了成功，將中國的勢力範圍壓了回去，現在美國當然不會放棄努力，只要是任何能打擊中國，能妨礙中國崛起的事情，那麼美國都是很願意去做的。而且中國在前期的擴張中也有許多的缺點，特別是透過中東的戰爭，更是暴露了這些問題。當中國開始收縮自己的勢力範圍的時候，那麼美國就絕對要來找麻煩。而蒼蠅不叮無縫的蛋，印尼這個東南亞地區最不穩定的國家，以及在歷史上，以及民心上與中國與最多矛盾的國家，就自然成了美國用來打擊中國的工具了。
雖然世界都在緊盯著