其實在金州水師慘敗後，皇太極就得到了代善大軍遇到危機的訊息，但苦於制海權的喪失，如何能從登萊反攻？
尚可喜也不多做解釋，他深知，水師的打造傾注了皇太極大量的心血，如今主力盡歿且是被明軍所得，今後金州沿岸恐難有寧日。
於是逃回來後直接前往盛京向皇太極領死，不想皇太極雖然暴怒但還是以尚可喜保住了水師最後的火種為由，赦免了他，僅罰俸兩年，取消都元帥封號，降為金州水師將軍。
這麼輕的處罰，讓尚可喜感激的當場老淚縱橫，當場砍下自己的一隻左手小指，立下誓言要重振金州水師，為大汗奪回制海權！
皇太極其實並非不想殺他，只是後金懂海戰的人才寥寥無幾，如今水師受到如此重創，再殺了自己的大將，又有何用？不如寬宥尚可喜，準其戴罪立功，又落下賢明仁厚的美名，何樂而不為？
但援救代善的工作，令皇太極夜不能寐，代善作為四大貝勒之首，對皇太極忠心耿耿，最難能可貴的是，代善指揮作戰極為老道，是大金少數智謀卓越的帥才，因此皇太極下令不惜一切代價援救它！
在眾大臣的建議下，皇太極一面命人向山海關作出佯攻的態勢，逼迫山海關方向的明軍不敢南下夾擊代善，另一方面讓山西的範永鬥等漢奸商人，大肆向關隘守軍將領滲透，讓代善能不費吹灰之力地破關而出，重新返回盛京。
當他在盛京見到了像蒼老了十歲的大哥代善，又聽聞他讓自己的兒子斷後，慘死於亂軍之中的訊息後，兩兄弟只是抱頭痛哭，令在場眾人無不落淚。
不過後來看到代善帶回的如此海量的人口物資，皇太極覺得這趟南征依然是大獲全勝的！
因為雖然回來的部隊中，就是正紅旗損失較大比較麻煩，其他損失的漢軍部隊有了這麼多包衣後，要組建多少沒有？
他當場就將最新捕捉來的生女真兩千多人充實給正紅旗，同時將孔有德的天佑軍恢復建制，多造大炮，進一步充實火器部隊的實力。
聽聞耿仲明、巴布泰被趙信活捉，他打算派出使者去京師贖回，堂堂九貝勒被活捉，不贖回來太丟人了。
當日夜裡，皇太極在宮中給南征回來的代善等人設宴壓驚，代善和孔有德等人均表示趙家軍戰力之強，戰鬥意志之堅決，均為明軍各支部隊的翹首，萬萬不可讓趙家軍崛起，否則大金將永無寧日。
代善尤為動容的表示，“明朝原來的優勢只在於火器，如今大金也有相同甚至更優之火器部隊，已經不足慮也！但趙家軍卻能在火力兵力均處於劣勢之下，依然視死如歸向我軍頻頻發起敢死逆襲，這實在太可怕了！”
“若明軍人人如此，大金何日能入主中原？”
皇太極等人對代善的話深信不疑，因為代善向來敢戰能戰，他都能吃如此大虧，足見此人不一般。
范文程提出，趙信此人，可以一邊試著誘降，如若不成，則務必加快入關步伐，因為只有入關後，八旗的鐵蹄才能對趙家軍進行威脅，只要乘其還未壯大，一舉滅之，大金依然勝算極大。
寧完我分析，當下俘虜抓回來如此之多，原有的農奴制度已經無法勝任，需要進行改制，提升官僚機構的運作效力，最大限度的挖掘大金的戰爭潛力，為入關做好制度上的準備。
經過討論到深夜，皇太極終於作出了重大決定，後金仿明廷（其實他自己想也想不出來），設定六部，對八旗尤其是漢軍部隊的建制作了進一步的細化和明確。
任命議政和碩禮親王代善總理六部，六部長官之首為承政，參與行政事務決策。
具體為：
吏部承政，愛新覺羅·代善（兼）
戶部承政，愛新覺羅·阿敏
禮部承政，