貿易中心，並逐步征服了附近的島嶼。雖然臺灣距離呂宋島並不遠，但當時的西班牙決策者卻選擇了呂宋以南的棉蘭老島、馬魯古群島等盛產香料的地區作為首選擴張方向。後來野心勃勃的豐臣秀吉打算以臺灣島作為跳板，向呂宋島下手的時候，西班牙人才意識到臺灣島的戰略價值。
不過豐臣秀吉在16世紀末發動文祿慶長之役（即朝鮮歷史上的“壬辰倭亂”，大明所稱的“萬曆援朝”）最終戰敗，豐臣秀吉本人也於1598年下半年病逝於京都伏見城中，這南下的打算自然也就化作了泡影。馬尼拉當局一看北方的威脅已經得到了緩和，便又打消了北上的念頭，繼續將臺灣置於擴充套件目標之外。
但到了17世紀初，西班牙人所要面對的威脅從日本人變成了荷蘭人，雙方在歐洲戰場上因為荷蘭獨立戰爭而產生敵對關係也無可避免地蔓延到了遠東地區。荷蘭東印度公司注意到馬尼拉的繁榮主要是來自於大明的絲綢貿易和美洲的白銀貿易，便決定攻擊這兩地出入馬尼拉的船隻。但由於這個時代的航海水平所限，荷蘭人發現自己數目有限的武裝商船難以對馬尼拉進行完全封鎖，很快就意識到了這種戰略的效果有限。於是他們決定改變戰略，效仿葡萄牙人在靠近大明的地方建立據點。
然而荷蘭人武裝奪取澳門與澎湖的計劃都相繼失敗，最終只能退而求其次，轉進到臺灣島南部的大員港落腳。直到這個時候遲鈍的馬尼拉當局才意識到問題的嚴重性，為了能夠與荷蘭人對抗，他們終於下定了決心要在臺灣島建立自己的據點。
由於荷蘭人搶先一步在1624年佔領了臺灣島西海岸的大員港，落後的西班牙人為了能夠安心立足，只能於1626年在遠離大員港的臺灣島北端雞籠港登陸，並且在港灣出口處的雞籠島，即後世被命名為和平島的小島上開始興建定居點。當然了，按照西方殖民者的一貫做法，這個島也被更名為聖薩爾瓦多島，定居點也是被設計為易於防守的稜堡外形。
設計督造這座城堡的，就是雞籠港首任長官瓦爾德斯（antoniocarrenodevaldes）。這座被瓦爾德斯命名為聖薩爾瓦多城的堡壘周長約莫400米，下寬上窄，城堡四周還築有四座小型圓形稜堡作為外圍防護手段。不過西班牙人的殖民活動進行得並不順利，由於他們登陸後武裝掠奪了附近金包里社、大雞籠社等土著村落，當地人拒絕向他們出售食物和補給品，而馬尼拉的補給船又因為颱風季節而無法及時提供援助，不少西班牙人因此而在當地經歷了十分落魄的一段時間。當時被作為第一批移民派遣到當地的鐵匠何塞，甚至有一段時間不得不依靠吃老鼠來充飢度日，其慘狀可想而知。
到1627年薩爾瓦多城的糧食短缺困境依然沒有得到緩解，瓦爾德斯不得派出一隊士兵前往淡水河地區駐紮，準備與附近圭柔社的土著談判收購糧食。然而當地部落聯合起來驅趕西班牙人，有七名西班牙人在衝突中被殺，剩下的人逃回了雞籠港。次年瓦爾德斯派出了更多的兵力前往淡水，打敗了當地的土著並劫掠了糧食。最後土著以割讓土地為條件與西班牙人議和，圭柔社遷離當地，於是瓦爾德斯下令在當地又新建了一處據點，後來被命名為聖多明哥城（santodomingo）。
1630年，瓦爾德斯卸任回到馬尼拉，由阿爾卡拉索（juandealcarazo）就任雞籠第二任長官，同年格斯曼（luisdeguzman）就任首任淡水長官。
雞籠淡水兩地相隔距離雖然不遠，但由於來往兩地間的海岸線過於崎嶇，海上航路又受限於季風和洋流的時節，西班牙人便開始另行尋找一條陸上通道。1632年阿爾卡拉索派遣80名士兵沿著淡水河逆流而上，尋找到了基隆河的水脈，最終在臺北盆地內找到了一條連線兩地的內陸通道。而