見鄭成功並不在自己的火力範圍內作戰，十分惱火，他下令火船全體出動，衝向鄭成功的主力戰艦。
一時間，福建水師計程車兵們駕駛火船，從主力戰船身後衝出，鋪滿了整個海面。
火船中兩名士兵負責快速划船，兩名士兵手拿盛滿火油的罐子，準備靠近大順主力戰船，潑上火油後點火燒船。
在火船出動後，施琅也下令主力戰船，跟在火船隊伍身後，掩護火船進攻。
鄭成功見到施琅已經將火船放出，立刻命令己方的中小船隻將自家的主力戰船圍住，不讓滿清的火船靠近。
兩軍主力戰艦互相炮轟之下，滿清的火船與大順軍的中小船隻交織在了一起。
滿清火船上計程車兵見自己無法接近大順軍的主力戰船，又已經被大順軍的中小船隻靠近，只得放下火油罐，被迫應戰。
兩軍士兵互相登船砍殺了起來。
施琅命令士兵調整方向，幾次嘗試讓火船接近大順軍的主力戰船均告失敗。
他見自己火攻的計策已經無法實施，並且鄭成功水軍的人數眾多，士兵和主力戰船都抵擋不過，他決定先將部隊退回到金門岸邊，利用岸邊炮臺的優勢再同大順軍戰鬥。
正在施琅和鄭成功大軍混戰時，高一功率領部分水軍戰船抵達了金門西岸。
金門西岸水淺，岸邊都是一些礁石和泥沙，遠處是一些低矮的樹木。
滿清守衛將炮臺掩藏在了樹木中，士兵也都埋伏在炮臺左右。
岸邊守衛的滿清士兵看到大順軍戰船的身影后立刻命令炮臺射擊，驅趕大順水軍戰船。
由於大順主力戰船無法靠岸，高一功命令二十艘主力戰船在海面上一字排開，轟擊岸上的守兵。
他同時下令一百八十艘小型船隻載著士兵，衝向岸邊登岸。
大順士兵駕駛小船，快速衝到岸邊，在淺水區，士兵全部棄船登岸。
岸上的滿清士兵見狀不好，全部從隱藏處殺了出來。
負責守衛西岸的福建水師將領立即派人將大順軍的進攻西岸的訊息通知了總督施琅。
施琅好不容易將戰船撤回到料羅灣岸邊，想要重新組織進攻，可沒想到突然收到了大順軍分兵進攻西岸的訊息。