建立一所特別的院裡的學生不要多，每年只招收十個人,把這十個人培養成精英中的精英。書院裡的先生都是當今的大儒,或者告老的大學士、太傅、太師、少傅、少師之類的大臣。
應天書院由皇帝直接管轄,當時書院的管理還是由院長決定。意思就是應天書院只有皇帝能管，其他任何人或者衙門都沒有權利對應天書院的事情指手畫腳，哪怕是太子也沒有資格插手應天書院的事情。
建立應天書院的目的就是給朝廷培養精英。既然是精英，那就不可能一面優秀，自然是方方面面的優秀。
應天書院是全方面的培養學生，德智體美勞全面發展。比如說，除了教學生四書五經,還教六藝、武藝、軍法、智謀等。他們書院要培養的是對朝廷有幫助的人才,而不是書呆子。所以,從應天書院畢業的學生，基本上都在朝廷裡任職要職。
應天書院，按照後世的說法就是貴族的精英學校，必須要經過千軍萬馬才能考進去。
應天書院的學費非常貴，一年學費是二十兩銀子。這些錢對富貴人家來說很便宜，但是對平民老百姓來說就是天價了。不過，應天書院也考慮有的學生的家裡貧窮，所以設立了獎勵。只要考進了前三甲，就能免費在。如果沒有考進前三甲也沒有關係，可以向書院賒學費，等你有錢了再還就行了。
應天書院是全包的，意思就是衣食住行，還有筆墨紙硯都會免費提供給學生，這樣就能給貧苦的學生減輕很多負擔。