不久，李曄安排杜讓能兼任兵部尚書，在尚書省進行策劃排程，招兵買馬、籌集糧草，前後足足忙了有一個多月，這段時間內，勾結李茂貞的門下省侍中崔昭緯則一直派人傳遞訊息到鳳翔，朝中之事基本盡在李茂貞的掌握之中，杜讓能的所作所為更是瞞不過李茂貞的眼睛。長安的神策軍本來有一萬多人，加上被楚靖平放回來的一萬多俘虜，能湊到三萬人，但要留部分軍隊守長安，杜讓能又招了一萬名新兵，其中有不少是胡人，許多新兵沒有兵器盔甲，兵部的庫房已經搬空了，連鏽爛發黴的盔甲都拿出來了，因為戶部沒有錢買材料，工部也造不出兵器。杜讓能找京城的幾個大商人再三協商，才借了一些錢買材料，杜讓能準備出動三萬神策軍討伐李茂貞，皇帝同意了。
唐朝實行三省六部九卿制，三省之中，管著六部尚書的尚書省權力最大，因為唐太宗李世民做過尚書令，所以尚書省不設尚書令，尚書左僕射就是百官之首，尚書右僕射、中書省的中書令、門下省的侍中，雖然也稱丞相，但實際上只是副相。侍中崔昭緯非常希望取代杜讓能成為百官之首。
李茂貞對長安的情況很清楚，他調回了在外攻打巴州、通州的主力部隊，親統六萬軍隊，準備迎戰杜讓能，他雖然看不起神策軍，卻不敢小看杜讓能，當年神策軍正是在杜讓能指揮下，才平定了李昌符之亂。
李茂貞為了打消皇帝討伐自己的想法，密令崔昭緯收買了長安的數千名百姓替自己說話。這一天清晨，右軍中尉西門君遂坐著馬車前往皇宮傳遞訊息。當他經過朱雀門時，突然被一群百姓攔住了去路。這些百姓都是受了崔昭緯的指使，特意來此攔路的。
只見人群中有一位白髮蒼蒼的老者站出來，大聲說道：“這位大人啊！陛下一定是弄錯了吧？隴西郡王秉持正義，討伐奸佞楊復恭，這本應是一件大功，怎麼會是有罪呢？朝中一定有小人從中挑撥離間啊！大人一定要向皇上如實反應啊！”
這時，旁邊又走出一名婦人，她淚流滿面地哭訴著：“朝廷如今年年征戰，百姓們連口飯都吃不上。這樣下去，我們可怎麼活啊！請大人向皇上說說，不要再打了。”說完，許多人也開始附和，現場一片混亂。
西門君遂看到這個情形，心中不禁有些慌亂。他連忙解釋道：“諸位鄉親父老，此事乃是宰相杜讓能負責，與我並無關係。你們若有怨言，可以向杜相反映。”說完，便想趁機離開。
然而，百姓們並不肯罷休，他們繼續攔住西門君遂，要求他給個說法。與此同時，其他被百姓攔截的官員也紛紛效仿西門君遂，將責任推卸到杜讓能身上，表示此事與自己毫無關係。一時間，長安城陷入了一片混亂之中。
皇帝李曄得知後，非常憤怒，下令禁軍逮捕鬧事之人，並催促主帥杜讓能和副帥延王李延丕早日出兵，絲毫不顧許多兵器盔甲還沒打造出來，神策軍只好匆忙出征，杜讓能、李延丕終於帶著兩萬多軍隊離開了長安，號稱三萬，許多士兵盔甲不全，有的連棉甲都沒有，只是一身布衣，刀矛都生鏽了，盾牌是木頭臨時趕製的，上面還有毛刺。雖然皇帝李曄說，杜讓能身為主帥，可以坐鎮長安，讓李延丕領兵，但杜讓能哪裡放心，還是隨軍一起出發了，他把杜勇等護衛家丁全帶上了。
神策軍剛剛抵達扶風縣城外，便遭遇了六萬鳳翔軍的伏擊。杜讓能迅速組織親衛營展開殊死搏鬥，但無奈副帥李延丕卻臨陣脫逃，他的部下也紛紛效仿，跟隨其後逃離戰場。鳳翔軍趁機從三個方向對神策軍發起猛烈攻擊，神策軍最終遭受慘敗，軍隊完全崩潰。杜讓能絕望地舉起手中的劍，想要自刎以謝罪，但被忠誠的護衛杜勇及時阻攔。隨後，杜勇與其他護衛一同護送著杜讓能奮力殺出一條血路，逃回長安。然而，原本的兩萬軍隊如今只剩下一千多騎兵倖存歸來。