源堂與蕭衛國的談判還在進行中，海對岸的NERV總部中，美里正在接受所謂“國聯監督人員”的問詢——當然，她大概也猜到是SEELE他們派來的人了。
昏暗的會議室中，只有一盞小燈照亮了美里的身周。黑暗中傳來經過處理後的沙啞人聲：“針對此次事件唯一當事人，二號機駕駛員的直接詢問被你拒絕了，是這樣嗎，葛城少校？”
“是的。”美里答道，“她的精神狀態並不穩定，現在讓她站在這裡接受問詢恐怕有些超出其能力範圍了。”
“那麼，葛城少校，請你如實回答以下問題。本次事件中，使徒是否嘗試接觸人類？”
“從各方面的資料和指標來看，都不支援這個假設，因此NERV的推斷是，這是偶發事件。”
“但是EVA內部的記錄儀沒有對應的資料，駕駛員的報告是否屬實也存疑吧？”
“赤木博士認為，使徒體內的時空並不穩定，記錄儀沒有合適的工作條件，自然無法正常工作。”
“好吧。那麼使徒是否對人類的心，或者說精神有興趣呢？”
“這點我無法回答，因為使徒是否有類似‘心’這樣的概念，以及是否能理解人類的思考，我們尚不知曉。”
“嗯……另外，國聯軍方面報告稱，本次作戰中出現了N2炸彈的不明原因遺失，你做何解釋？”
“首先，我在作戰報告中已經寫明，N2炸彈可能是被髮生異變的使徒吞噬的。其次，N2炸彈是為了消滅使徒、營救二號機才運到現場的，但既然作戰目的已經達成，那麼這點代價我想仍是可以接受的。”
又被問了幾個無關痛癢的問題後，美里被告知可以離開會議室了。另一邊，SEELE的幾位老人關掉了實時監控的畫面，彼此眼中都露出了深深的危機感。
“區區NERV少校，居然如此不配合，簡直豈有此理！”
“而且碇源堂和他那個副司令最近出行有些過於頻繁了。尤其是碇源堂，居然跑去東聯了，很令人不安啊！”
“的確，我們對於碇源堂實在是有些疏於防範了。考慮到之前初號機意外獲得S2機關一事，他很有可能已經背叛我們了。現在，NERV總部內的人事調動頻繁，對於間諜的審查也嚴格了許多，我們的大部分眼線都失去了聯絡，這次事件如果不是國聯軍也參與其中了，恐怕我們也無法得知更多細節。”
“考慮到了又能如何？時間表才進行到第十二使徒，使徒卻已經出現了有智慧的跡象，還有之前提出的演化假說——我們的計劃已經要來不及了，這個時候撤掉碇源堂更麻煩！”
“現在說這些也晚了！好在從第五使徒身上獲取的S2機關樣本已經完成解析並提前修復了，叫第二支部那邊趕緊開始搭載試驗！”
“搭載試驗？可是修復工作才剛完成……”
“我們必須搶在碇源堂之前完成準備！要知道初號機已經獲得了S2機關，只有同樣搭載了S2機關的EVA才有資格對抗它！”
“你的意思是，我們要直接與碇源堂開戰？！”
“必須做好最壞的打算才行！即使SEELE的存在再次暴露，人類補完計劃也必須要完成！”
“不錯，藉助神的力量完成人類補完，這正是我等的夙願，也是SEELE傳承至今的意志！”
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“班裡又少人了啊……”真嗣掃了一眼教室內的課桌，喃喃說道。
跟在真嗣後面的明日香撇撇嘴：“天天打仗，到現在還有人沒走才是奇蹟吶！”
“嗯。”綾波輕聲應和道。
“喲，真嗣！”百無聊賴地坐在座位上的東治招了招手，“你小子還記得來學校啊！”