動的跡象了，而弘光朝廷建立不到一年又被滅掉，更加刺激了這些土司們，所以西南地區的局勢驟然間緊張起來。
弘光元年八月，就在升龍府戰役進行得如火如荼的時候，雲南元謀土司吾必奎發動了叛亂，土司軍一路攻下了定遠、湄潭、武定、祿豐、姚安等地，聲勢浩大，關鍵是得到了其他土司的聲援，一時間雲南各地風聲鶴唳。
鎮守雲南的是沐王府，沐家世代享受明朝國公的待遇，鎮守雲南。但是當地人都喜歡把沐家稱作沐王府，既然有土司叛亂，那麼平叛的職責當然就落在了沐王府的頭上，他們責無旁貸。
沐王府作為明初就在雲南的勢力，經過他們幾百年的經營，在雲南當地早就已經是根深蒂固，勢力盤根錯節。這次吾必奎叛亂，沐王府倒是被打了個措手不及，只能說沐王府在雲南太久，自以為有他們鎮守，手下這些土司們不敢興風作浪。加上內陸局勢變幻莫測，沐王府的目光也全部聚焦在清軍南下這件事情上，一時疏忽竟然被吾必奎給偷襲了。
好在沐王府的號召力還是非常強大的，沐王府這一代的領軍人物是沐天波，人稱小公爺，弘光元年才二十七歲，年少有為，不論是在沐王府內部還是在雲南當地，威望都挺高。在他號令之下，沐王府從昆明出兵一萬五千，加上八家土司，組成聯軍，在一個月之內就蕩平了吾必奎的叛亂，吾必奎兵敗身死。
大軍攻下了吾必奎的大本營元謀縣，元謀縣的民眾一個個都是瑟瑟發抖，生怕小公爺發怒，讓整個元謀縣雞犬不留。但是沐天波沒有這麼幹，恩威並施才是沐王府治理雲南的殺手鐧。雲貴川等地，本來就是漢族和少數民族雜居的狀態，並且少數民族不是少數，所以才有了朝廷將地方的治理權交給各個土司的情況。
這些土司平日裡在他們各自的地盤上跟土皇帝沒什麼區別，治下民眾的生死都由他們來定奪，只要定期給朝廷交稅就可以了，到了明朝後期，這些土司連稅都不交了，天下大亂，只要他們不反叛朝廷，朝廷就燒高香了，哪裡還敢跟他們收稅。
沐王府也是睜一隻眼閉一隻眼，只要他們不生事端，聽沐王府的號令，也就隨他們去了。這些土司畏威而不懷德，但是也不能把他們逼狠了，吾必奎叛軍已經覆滅，麾下主要將領也被沐天波全部斬首，罪魁禍首已經伏誅，如果在元謀搞清洗，勢必會引起各族強烈反抗，對沐王府的治理不利，所以沐天波放他們一馬，將元謀的民眾跟吾必奎的反叛力量分開。
一時間沐天波名聲大噪，民眾對他感恩戴德，一個個痛哭流涕，都願意聽沐王府調遣，永生永世再也不行叛亂之事。
平定了吾必奎的勢力，沐王府的軍隊便開始分批撤離。此次作戰除了一萬五千沐王府的直屬軍隊之外，剩餘八支隊伍都是跟沐王府交好的雲南土司，這其中最大的一支隊伍是來自蒙自地區的土司沙定洲，其麾下也貢獻了一萬五千人的力量。
按照撤退方略，由沐王府的軍隊進行最後收尾，各個土司的人馬先回去，眾人便聽從沐天波的命令，分批起程回到各自的地盤上。元謀在昆明的北邊，沐天波召集的土司部隊基本上都來自昆明南部，所以他們撤回去的必經之路就是昆明，昆明城內，還有沐王府留下的五千守軍，包括沐天波本人的家眷，基本上都留在城內。