顧南行自然是有所準備，不管是採用更多賦予軍兵權力的制度，還是採用兵戶這種歷朝歷代都用過的制度，他都要進行一次徹底的軍改。
當初軍隊人數少的時候，不管是管理還是紀律，用了他的那套獎懲體系之後，確實發揮了巨大的效果。可是，當軍隊規模擴大之後，管理體系就根本跟不上了。哪怕是反覆進行了普及文化，可是後勤中堪用的人也是完全不夠，根本無法有效的執行這套體系。
這是這個時代裡受教育人數不足所導致的，從根本上說，如果有人能夠當官，那怎麼會選擇來當兵呢？讀過書的遊俠兒可真的沒那麼多，徐庶都是在加入了桃園之後才惡補了大量的知識。
更關鍵的是，隨著軍隊規模擴大，地方上的崗位數量也已經難以支撐原有的獎懲體系繼續提供足夠的獎勵。
如果獎勵體系框架不變，那麼軍隊框架和發放獎勵的方式就要變。尤其是職務晉升的方式必須改變，才能讓士兵有足夠的作戰勇氣和目標，繼續保持作戰的動力。
而要改變這些，就必須要進行大規模的組織構架調整。
顧南行沒有在現代軍隊待過，他只知道軍銜和職務之間的分離，以及多個層級的現代軍隊基本概念。
可是，他有經營醫院的經驗，你看實習醫生、主治醫師、副主任醫師、主任醫師等職稱，以及各個不同等級的薪資評級，不同的崗位科室。升一級雖然錢沒多給多少，但是人們為了潛在的可能性，可是沒少花工夫學習和進步呢！
而實際上，醫院為此出的成本並不多，反而是透過這種考核用較少的成本激勵下屬做了更多的工作。
所以，顧南行的改革也是一樣的，要激勵士兵能去學習讀書識字的都去學習讀書識字，同時儘量用軍中軍銜的晉升獎勵代替實物獎勵，走軍銜和職務分開的方法以省錢。
至於具體的辦法分成三個方面，官兵分離，銜職分離，兵馬結構調整。
所謂官兵分離，就是兵有兵的晉升路線，官有官的晉升路線，士兵要成為軍官就必須要有一些硬性條件，比如說能夠熟練使用文字等。這樣，士兵的賞賜和戰利品分潤規則也就和軍官區分開，自然能夠節省一大筆開支。
所謂軍銜和職務分離就更好理解了，每個人有一個軍銜，這個軍銜決定你基本的薪酬和禮儀規制，但是軍職決定你的實際職務。軍職和軍銜沒掛鉤，但是一般來說軍銜不夠高不應當得到很高的軍職。這樣，就有足夠的晉升空間提供給軍官作為獎勵，用榮譽省下一大筆錢。
最後，有了官兵分離和軍銜軍職分離，那對應的軍隊結構自然也要調整。尤其是考慮到劉備軍是反覆擴軍的結果，雖然訓練規則基本統一，但是不同的部隊終究是有差異，還是需要重新整編。
這一次，有這麼一個修生養息的機會，那就必須把問題一次性解決。顧南行的方法就是以一營兵為基礎進行調整。
以劉備軍目前的實力和狀態，以及屯住方面的考量，以一千人為營，按照兵種構成分成不同型別的營，營中包括戰兵、輔兵、參謀、醫師、騾馬等一套完整的機構。
這樣這些營可以獨立進行作戰，也可以組合起來結成更大規模的部隊進行作戰。再加上訓練規則和指揮協調統一，可以有效的拆解重組。
其實，這倒不是學什麼現代軍隊組織，一千人是一個縣可以供養脫產的職業士兵的極限了，假如還要上供稅賦的話。
這樣一來，郡兵也可以加入調整，讓劉備更好的控制各地郡縣。同時可以強化軍隊的作戰能力，讓劉備軍的精銳得到儲存。
“如此一來，雖然我們可用的郡兵會減少三萬。但是，我們秋收之後足可以增加九十營兵隨時可以動員計程車兵，戰鬥力不會比郡兵更差。同時，我軍精銳也