馮妙元來到高昌以後，她在高昌城西門外建了臨時軍營。除了自己帶的三千騎兵，又招了7000本地兵進行了混編，對西域各國也有威懾的作用。然後，她又和金有妙打算建設西域第一座覺明佛道院。
覺明院的地址就選在王宮的正對面，為王家第一院，由高昌王出資建設。建成後請了高昌第一梵僧般伽彌陀來主持講法。般伽彌陀本是梵河流域梵伽陀國的高僧，來這裡也是為了廣傳佛法，他把好多佛經翻譯成了西域文字。馮妙元和金有妙也算是高昌覺明院的第一批學員了。還有一些寺院比較知名的僧侶和國王大臣的孩子們。
覺明院建成以後，般伽彌陀每天都會講經說法。今天，他講了這樣一段理悟。般伽彌陀說道：“宇宙生命的真相，本不需要語言的，我們六根有知，有聽，有見，有嗅，有嘗，有身觸。故立了文字來分別它們，便於自己生活方便利用。這些因六根測弄而有差別的相，其根本組成也就不離六根了，然後把如本道體就分六性而起了名字。眼展現的明暗名火。耳朵展現的動靜名風。鼻子展現的通暢為空。舌頭展現的礙味為地。身體展現的斷續離合為水。意想展現的有無為識。六根的感覺看見等第一觀為明。此七種名為七大。又作為根本元素，然後因緣合離成就世間一切生命以及世界”。
講到這裡，馮妙元問道：“啟請上師，人的身體以及思想，我思考也是此七大緣聚而成，冷熱是火，血液精尿是水，骨頭肉塊是地，呼吸是風，腹髒非實的地方就是空，大腦心意辨別是識，見聞覺知等性是明。它們又體現著身體的組成和六根的用處，那到底是先有六根以及空間物相，還是先有七大緣聚身心才有的六根及空間物相呢？”。
般伽彌陀說道：“這就是你在知的前提下問的問題了，你知道有什麼，故會問誰前誰後。如果你知道沒有什麼，也會問誰前誰後。你知道或者不知道的明白本身就在當下，怎麼會有先後呢？即明就在當下。七大離散，它也不會在那個固定的處所存放或者出現，此皆因身體有六性功用，當下測弄而出。故六根七大，皆是虛妄，那更談不上誰前誰後了。菩提真相，如本道體不辭七大，但它並非是七大，或者不是七大。它覺明的妙性常在，故能成七大，又不著七大。七大的名，只是告訴大家，生命世界，是我執貪慾取而創造的”。
金有妙問道：“啟請上師，如本道體，覺明真性，為何要以六根虛設而成生命和世界？”。般伽彌陀道：“如本道體，從未虛設過什麼？皆是覺明性然。你若不迷我妄認，六根之用，亦非是別於如體妙明的虛設，覺明之性，當用當有，當體即歸。對於個人而言，迷我甚真，故妄失了這道本覺明性然的真知。一切性不生，一切法不生。你若說六根為菩提真如妙明道體虛設，那是因為你認為除此六根，還有個真相，其實非然，六根七大就是真相，只是說此真相表現的樣子，並非它本來的樣子，故說虛妄。
金有妙問道：“啟請上師，那如本道體的真相，它的本來樣子如何？”。般伽彌陀說道：“它是沒有動靜的動靜，沒有色空的色空，沒有氣味的氣味，沒有味道的味道，沒有感覺的感覺，沒有知道的知道，沒有認識的認識，遍圓法界，盡藏虛空。隨眾生心，妄開六根，變成七大，現成生命以及世界。名為如來藏或者道杯。它看似空無一物，但常懷妙有之勢，有也會變滅入無，但它並非是有或者是無。若有一人不執有無，就是明道的本來面目了，也就離了這生死的顛倒見了。如道妙明常在，一切皆如是自然”。
方祖蕊籌糧回去以後，她和道國元因為工作的原因，一直就走的比較近。道國元覺得，和她相處起來，有一種說不出來的舒服。她隨和，自信，不為天下先，甘願做別人的襯托。說話也是恰到好處，不得罪人，做起事來也是認真踏實，怪不得她能和馮妙元做最貼心的朋友