在日本，有一個特殊的維和組織，它的存在不為普通人所知——這就是天庭警察局的日本支部。他們的使命是維護凡間的治安，清除犯罪勢力，確保和平。日本支部由毛利小五郎擔任局長，他負責指揮五名天庭警察精英隊員執行任務。這五人分別是：巡邏小隊隊長江戶川柯南、哆啦A夢、野比大雄、小智與皮卡丘，以及灰原哀。他們能力各異，配合默契，解決了無數棘手案件。
某天深夜，毛利小五郎正在警察局內分析新收到的一份情報。透過網路上的隱秘渠道，他得知一群來自東南亞的毒販潛入了東京，他們計劃進行一次大規模的毒品交易。這些毒販行事謹慎，手下有專業的情報網和武裝力量，普通的地方警察根本無法應對。
“這次情況不簡單，”毛利小五郎沉思道，他點燃了一支菸，眼神犀利。毒品交易地點和時間都尚未明確，唯一的線索是一艘可疑貨船將在東京灣靠岸。
毛利小五郎按下了辦公室內的緊急通訊按鈕，不一會兒，江戶川柯南、哆啦A夢、野比大雄、小智與皮卡丘，以及灰原哀先後趕到了會議室。
柯南率先開口：“局長，您找我們過來，肯定是遇到了難題。”
“沒錯，”毛利小五郎指了指牆上的大螢幕，上面顯示著東京灣附近的衛星影象，“這群東南亞毒販非常狡猾，他們用貨船作為掩護，預計會將毒品分散到多個地點交易。我們必須儘快確認他們的行動計劃，並一網打盡。”
會議結束後，隊員們立即分頭行動。柯南帶著灰原哀負責監控毒販可能的活動區域；哆啦A夢和野比大雄利用未來道具尋找隱藏的線索；小智和皮卡丘則暗中偵查港口情況。
柯南和灰原哀來到一處可疑的倉庫。兩人隱藏在陰影中，觀察著出入的可疑人員。灰原哀拿著行動式追蹤器低聲道：“倉庫裡有大約十個人，都是毒販的同夥，但他們似乎只是外圍的雜魚。”
“沒錯，這裡可能是交易的一箇中轉點。”柯南調整了眼鏡，利用手錶上的放大鏡仔細觀察貨車上的箱子。他低聲說道：“箱子上有東南亞某個製藥廠的標誌，應該是偽裝成藥品的毒品。”
另一邊，哆啦A夢用“隨意門”帶著野比大雄瞬間潛入了港口的貨船。他開啟了“透視手電筒”，發現了貨艙裡隱藏的大量白色粉末包。
“這就是毒品吧！”野比大雄小聲驚呼。
哆啦A夢點頭道：“沒錯，我們需要找到貨船的航線記錄，確認它的交易地點。”
與此同時，小智和皮卡丘混入了港口工人中，裝作普通搬運工，暗中收集資訊。皮卡丘用它靈敏的嗅覺追蹤毒品的氣味，而小智則用偽裝身份與一些工人打探訊息。
經過一天的緊張調查，所有情報匯總到了毛利小五郎手中。他確認了交易的時間和地點：三天後，東京灣碼頭的一處廢棄倉庫。毒販將貨船上的毒品轉移至倉庫，再由買家分批帶走。
毛利小五郎召集所有隊員，制定了詳細的圍捕計劃。他指著倉庫的地圖說道：“哆啦A夢和大雄，你們負責封鎖倉庫的所有出口，確保毒販無法逃脫。小智和皮卡丘，你們要潛入內部，摧毀毒販的武器裝備。柯南和灰原哀則負責抓捕交易現場的主犯。”
到了行動當天，所有人都嚴陣以待。哆啦A夢取出了“任意泡泡”，將出口封住；大雄則用“飛行頭盔”在空中監視敵人的動向。
倉庫內，小智和皮卡丘隱匿在高處，觀察著毒販的武器庫。毒販的頭目正在指揮手下搬運貨物，皮卡丘迅速跳了下去，用“十萬伏特”癱瘓了所有的監控系統。小智趁機衝入，拔掉了敵人的槍械彈匣。
與此同時，柯南和灰原哀悄悄接近了主犯。他們利用麻醉槍和追蹤裝置成功制服了對方，並將毒品運送計劃的詳細記錄存檔。