高一功在北線尾與荷蘭人大戰的時候，鄭成功也正在率領大軍圍攻赤嵌城。
赤嵌城內的荷蘭人已經將炮口調轉過來，全部朝向了鄭成功的大軍。
臺灣島上的原住民一直受到荷蘭人的壓榨，他們看到大順軍登島，知道鄭成功是來趕走荷蘭人的，紛紛上來幫忙。
不僅幫忙往岸上運送糧草、輜重，還幫忙在附近樹林裡砍樹，幫助鄭成功的大軍搭建雲梯。
之前鄭成功的大軍水戰很厲害，但是對於陸戰，特別是攻城卻不那麼擅長。
而大順計程車兵正好彌補了這一不足，大順軍士兵南征北戰，攻城無數，小小的赤嵌城自然不在話下。
鄭成功已經命人將運載過來的紅夷大炮擺到城下。
他一聲令下，眾炮齊發，不斷炮擊著城牆上的荷蘭守軍。
荷蘭人也不斷利用城上佈置的大炮還擊。
雙方部隊互有傷亡。
正在鄭成功準備命令步兵開始架設雲梯登城時，從臺灣城內派出的300人的荷蘭支援小隊趕到了赤嵌城周圍。
荷蘭人依然自信十足，300人的小隊組成了兩個小方陣，徑直向鄭成功的大軍衝了過去。
鄭成功發現荷蘭這幾百人的援軍後，冷笑一聲。
他調撥了兩門紅夷大炮，炮口分別轉向到荷蘭士兵的兩個方陣，然後呼叫兩千鳥銃手來對付這批荷蘭士兵，其他士兵繼續攻城。
在大炮的轟擊下，荷蘭士兵的方陣很快解體，荷蘭兵不敢再組成方陣，而是兩兩、三三人一組，不停向大順軍射擊。
而大順軍的鳥銃手火力顯然要遠遠強於荷蘭士兵。
一排鳥銃手放完槍後，不少荷蘭士兵倒下。
還沒有輪到大順軍第三排的鳥銃手放槍，荷蘭士兵已經頂不住開始後退。
大順士兵並沒有放過他們，不斷前進，不斷射擊，將他們逼到了岸邊。
很多荷蘭士兵慌不擇路，選擇跳入了海中。
這一路的荷蘭援軍也同樣被擊退。
最後一路，荷蘭人想從海上進入臺江進攻大順軍停留在臺江內的戰船。
可是荷蘭人的主力戰船隻有三艘，等他們將船開到臺江之後，一下子傻了眼。
臺江內，大順軍一百多條戰船，密密麻麻遍佈在海面上。
雖然荷蘭人的戰船更大一些，火炮效能更強，但是大順軍戰船數量依然佔絕對優勢......
荷蘭人區區三條戰船一進到臺江就迅速被鄭成功的水軍戰船包圍。
幾十條船打一條船，開始了對荷蘭人的群毆。
大順戰船一貼近荷蘭人的戰船之後，水軍士兵立刻搭上木板，跳幫到荷蘭人的船上拼殺。
戰船的荷蘭士兵被蜂擁而來的大順士兵迅速殺光。
荷蘭人的最後一路援軍也很快戰敗。
赤嵌城城內的荷蘭守軍本來看到自己的援軍抵達很是高興。
可是很快發現，城外援軍不見了蹤影，又只剩下了大順士兵。
赤嵌城再次成了一座孤城，它與臺灣城的聯絡也徹底被切斷。
鄭成功在派人攻城的同時，也在當地原著民的幫助下切斷了赤嵌城的水源。
面對如此猛烈進攻，又被切斷了淡水，城內的荷蘭守兵很快失去了抵抗的動力，城內的守將打出了白旗，向鄭成功投降。
赤嵌城的荷蘭人投降後，為了進一步勸降臺灣城的荷蘭人，鄭成功對他們並沒有加害，而是暫時將他們軟禁了起來。
之後，鄭成功在城內留下了少量士兵看守，帶領大軍又奔向了臺灣城。
臺灣城作為當時荷蘭在臺灣的統治中心，城池建設的要比赤嵌城更加高大而堅固