在這一場慘烈的戰爭當中，沒有真正的贏家。
美軍遭受到了二戰以來最大的重創，元氣大傷，數以十萬計計程車兵傷亡，大量先進的武器裝備被摧毀，一大批優秀的軍官和軍工專家被刺殺。美國的總體軍事實力經此一役後大幅下降，綜合國力也受到了嚴重的打擊，自此一蹶不振。
興日會和興日會暴徒軍隊徹底覆滅了。其中，三萬多名興日會“死士”和興日會成員或在戰場上戰死，或剖腹自盡，或藥物中毒。還有超過一萬名興日會“死士”和興日會成員被美軍俘虜。
另外，作為另一股重要參戰力量的日本自衛隊，也同樣是傷亡慘重，傷亡情況並不比美軍好多少。有超過八萬名官兵在這場戰爭中戰亡。
而最悽慘的，是受到戰火摧殘的沖繩島、東京、橫須賀等城市，有大量的當地居民無辜喪生，城市被破壞得滿目蒼夷，原本繁華喧囂的街區變成了一片片廢墟，令人唏噓不已。
至於戰爭的罪魁禍首，希爾，則被蓋倫“殺死”了。希爾所創立的“宇宙教”的信徒們和“萬物歸道”計劃的同夥，因蓋倫供出了詳盡的人員名單，而被各國政府通緝逮捕。希爾的極端勢力就此土崩瓦解。
（薩欽.拉詹——拉吉的宿敵，也在這一場戰爭中，被美軍特種部隊擊斃了。）
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戰爭結束後，動盪紛亂的狀態仍持續了很長一段時間。不安與恐懼籠罩著世界的每一個角落，各種思想依舊激烈碰撞著，傷心哀痛的情緒瀰漫不散。一直到了數個月之後，人們才開始漸漸適應這場戰爭所帶來的衝擊，生活才開始慢慢恢復平靜。
故事的主角——伊藤、拉吉、蓋倫，也迎來了各自的新生活。
伊藤和拉吉，本來是被美國政府軟禁著的。因為美國政府想要逼迫他們配合，進一步研究蟲洞傳輸技術和特殊基因移植技術，並有意將這兩項技術用於軍事用途，來保持美國軍事實力在世界上的絕對優勢，以維護其霸權地位。但由於世界各國的民眾都在這場戰爭中親眼目睹了蟲洞武器和“新型人類”士兵的恐怖威力，對這兩項“兵器”充滿了恐懼，尤其是美國和日本的國內民眾更是親身經歷了這場浩劫，遭受到了這兩項“兵器”所帶來的不可磨滅的創傷，對這兩項“兵器”有著極深的心理陰影，因此，不管是美國國內的民眾，還是日本民眾，還是其他國家的民眾，都一致反對將這兩項技術用於軍事用途，紛紛以遊行示威、聯名抗議、集體遊說、輿論譴責等方式，表達自己的不滿，極力阻擾美國政府的惡劣企圖。就這樣，在國內和國外的重重施壓下，美國政府不得不順應民意，對外宣告將會放棄所有與這兩項技術相關的軍事研發計劃，並與各國一起致力於推動這兩項技術的商業化應用，以促進交通、能源、通訊、太空探索、醫療等諸多領域的發展。同時，也不再以各種名義設法軟禁伊藤和拉吉，讓伊藤和拉吉恢復了自由，以免被人們詬病。
伊藤在獲得自由後，為了更好地照顧仍然昏迷不醒的李清，決定帶著李清回到她的故鄉鏵廈國生活，與李清的爺爺、奶奶一起陪伴照料她，並繼續設法治療她。不久後，曾試圖幫助他逃離日本的萬德萊福公司創始人託尼.康納，聯絡上了他，向他表示其有意在營商環境更加開明、友好的鏵廈國創立一家新公司，並邀請他加入，一起推動蟲洞傳輸技術的商業化應用。
託尼.康納是一個受人景仰的企業家，一生都在為提高人類科技水平而奮鬥，且一直對蟲洞傳輸技術的發展前景非常看好，對他的才華也非常欣賞，所以他毫不猶豫地欣然答應託尼.康納的邀請，“加盟”了託尼.康納的新公司，擔任該公司的技術長。
等到工作穩定下來之後，伊藤又專門抽空去了一趟日本，把倉田雄介的女兒——雪子，