洪武二十六年，在朱權和朱棣倆人回到封地沒多久，應天府就掀開了一輪新的風暴，錦衣衛指揮蔣瓛告發藍玉謀反，下獄鞫訊後，獄詞稱同景川侯曹震、鶴壽侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠侯王弼、東筦伯何榮及吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀反，擬乘朱元璋藉田時發動叛亂，史稱洪武大案之一。
一時之間，各地人人自危，這一次沒人再為他們求情，也沒人能管的了這位年邁皇帝的屠刀，根據老朱發放的詔書，藍玉至少犯了三大罪：第一，驕橫跋扈，不僅炮轟喜峰關，而且還和元妃有染。第二，目無法紀，藍玉的義子多達幾百人，藍玉的家人不僅侵佔民田，濫殺無辜，而且藍玉還屢放厥詞，認為朱元璋給他的封賞太低了。第三，意圖謀反，錦衣衛指揮蔣瓛找到了藍玉謀反的證據。
這場洪武大案如同一股洶湧的風暴，席捲了整個大明王朝。各地官員和百姓人人自危，生怕被牽連其中。而在應天府，朱元璋的怒火仍在熊熊燃燒。
朱元璋下令對藍玉及其同黨進行嚴厲的審訊和懲處。一時間，刑場之上血流成河，那些曾經顯赫一時的人物如今都淪為了刀下亡魂。他們的家族也遭受了滅頂之災，財產被沒收，家人被流放或處死。
朱棣在燕地得知這一訊息後，心中更加警惕，他明白朱元璋此舉不僅是為了剷除藍玉等潛在的威脅，也是在為朱允炆做準備，謀反不謀反的誰都知道，但是沒人敢提，只因為藍玉是常氏一脈，朱元璋不會給朱允炆留下這個炸彈。
隨著時間的推移，這場洪武大案的影響逐漸擴散開來，朝廷中的勢力格局發生了重大變化，以藍玉為首的軍中悍將一脈徹底被清算，該抓的抓，該殺的殺，流放的流放，最終，這場洪武大案以藍玉為首，族誅一公、十三侯、二伯，牽連被殺一萬五千多人，“元功宿將，相繼盡矣。”謀逆之罪一般都是碎剮凌遲處死，念及藍玉與自己是兒女親家，朱元璋心一軟，寬大處理：碎剮改成剝皮。這樣，劊子手把藍大將軍全須全尾整張人皮剝下來，算是留了全屍，並把人皮送往他女兒蜀王妃處“留念”。
洪武大案的風暴過後，大明王朝看似恢復了平靜，實則暗流湧動,老朱還沒有放下屠刀，別說官員了，朱棣都生怕牽連到他，畢竟她的燕王妃也是身份特殊，各地官員，上至藩王，人人自危，但是這也為朱允炆登基打下了基礎，所有人都明白了，老朱是鐵了心傳為於朱允炆，老朱年事已高，所以這一次的屠刀來的猛烈，突然，也意在為朱允炆準備登基後的班底。
朱權在此事之後直接準備當作一個小透明，畢竟老朱的洪武朝太危險了，朱允炆也只是敢削藩，老朱是直接把他們貶為庶人，還不敢吭氣，這就是開國皇帝的威望。
洪武二十八年，歸順明朝的海西女真酋長西陽哈反叛，朱元璋命燕王朱棣發北平二都指揮使司並遼東都指揮使司屬衛精銳騎兵七千、步兵一萬，命都指揮使周興為總兵官，同右軍都督僉事宋晟、劉真往三萬衛等處平叛，俘女真鎮撫管三以及男女六百五十餘人，馬四百餘匹，而西陽哈則遠遁至松花江以外，明軍未能捕獲，朱權沒有命令，未動一兵一卒，整個大寧衛就是充斥著訓練。
春去秋來，洪武三十一年，老朱的身體已經支撐不住處理整個大明帝國的奏章，皇太孫朱允炆監國，朱權經過幾年的發展，也是終於把大寧衛全員準備好了魚鱗甲，整整四萬具，此時的朱權也不知道在想什麼，皇帝他不想當，但是建文朝馬上就來了，他必須做好準備，要是建文不削藩，或者不搭理朱權，朱權也不介意為他做一個護北將軍，畢竟那個男兒沒有一個縱馬馳騁的夢想。
老朱的身體每況愈下，應天府的宮殿中瀰漫著沉重的氣息，朱元璋躺在病榻之上，面色蒼白，眼神卻依舊透著威嚴。他心中牽掛著大明的江山社稷，尤其是皇太孫朱允炆