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自宇宙混沌初開後的太古時代起，無數的星球文明崛起之時，在各大星系中就相傳有時空守護者，也可稱為光之救世主諾亞奧特曼的傳說。
這位如同救世神明般的銀色奧特曼曾拯救過無數的生靈，而妄圖統治大宇宙的黑暗勢力卻層出不窮，讓大宇宙無數次陷入危難之中。
諾亞已背後的諾亞之翼穿越著各個時空宇宙不斷的鎮壓、追尋、打擊、消滅著各個不同次元宇宙中的黑暗勢力，幾乎沒有邪惡能與諾亞那堪稱“宇宙最強”的實力所抗衡。
後來不知為何從諾亞奧特曼身上分裂出了一個不死不滅的黑暗面——黑暗破壞神扎基。
扎基恐怕是諾亞一生以來最為棘手的對手，對諾亞有著滔天恨意，與無翼的諾亞擁有同等的恐怖實力。
黑暗扎基作為諾亞的負面，持有的信念同樣是讓宇宙得到永恆的“和平”，那就是虛無！
只要宇宙中所有的生命都被消滅殆盡，就永遠不會有生靈相殺和爆發戰爭，也就能維持宇宙永遠的“和平”，而扎基所做的一切最後都是為了給諾亞看！
恐怖的黑暗扎基摧毀了無數的文明，滅殺數不清的生靈，給大量的平行宇宙帶來難以想象的可怕災禍。
由於是太古時期，當時大宇宙的意志雷傑多奧特曼和一些終極戰士還沒誕生，除了諾亞以外扎基幾乎是無人能擋，戰火不斷燃起
還有不為人知的一點，扎基的所作所為全都離不開諾亞本身，在扎基的心中諾亞就是他的一切。
只要能讓諾亞痛苦、只要能滅掉諾亞、只要能看到諾亞動容的表情，扎基就一定會去做！
他的眼中只有諾亞，沒有根本的原因、沒有絲毫感情、唯有殘忍和暴虐。
而為了消滅這個自己給宇宙帶來的災厄，當時巔峰時期的諾亞與扎基進行過數次終極對決，光與暗的能量碰撞導致了無數繁華的星球破碎、一個個浩瀚的星系間接毀滅。
最後扎基在被諾亞使用【諾亞最終】這一究極技的情況下，這兩位傳說中的人物一同消失在宇宙空間的次元裂縫盡頭之中。
“諾亞，你不死我就不滅！總有一天我還會回來的！”
然而意識消失在次元超距空間的前一刻，不甘心的黑暗扎基為了將來再度迴歸大宇宙，毫不猶豫的化為無數個黑暗分身飛往向各個平行宇宙，收集復活的黑暗能量。
哪怕下次復活可能會過億萬年的時光
而諾亞，意識重新甦醒之時，無窮的光之力難以再回到巔峰時期，他也同樣化為無數的光前往其他宇宙，尋找適能者，逐步在各個時空宇宙殲滅扎基的分身，為了徹底讓黑暗扎基斷絕在世上。
在無數時光的遙遠未來，從某一刻發生了轉變，也即是黑暗扎基計劃的開始——！
在千萬個扎基分身之中，其中一個分身擁有本尊的思維前往某個時空的地球，去選擇了一個作為本體的繼承者，他預感到只有這個繼承者才能完成扎基一生以來的夙願——徐飛羽。
飛羽起初對力量的渴望也導致了後來走上這條悲劇之路。
可惜扎基與諾亞可不同，他對繼承者是無情的。
後來，所有的扎基分身均被消滅，唯有殘存的混沌體扎基想要奪取本尊留下的力量，也就是飛羽的力量，因為他認為飛羽只是扎基的復仇工具而已，自己才有資格繼承本尊。
然而混沌扎基哪怕到死的時候也不知道，自己才是被扎基本尊安排來讓飛羽徹底黑化的工具，飛羽是被扎基承認的繼位者，而自己的潛意識自始至終都被扎基本尊掌控。
不過，黑暗扎基本尊千算萬算也漏了一點，那就是飛羽作為人的感情
黑暗扎基為了將來能夠打敗諾亞，捨棄了所有，