們本以為尚可喜投降後，大順軍接管了城池，張榜安民，設立了粥場，以為自己已經平安無事。
可沒想到，尚可喜在投降的當天夜裡，再次反叛，帶人殺進了城中，想要殺死大順皇帝。
城中百姓無人不罵尚可喜是個不忠不義的畜生。
南陽城破之前，尚可喜已經想好了對策。
尚可喜下令士兵，屠殺了很多百姓，讓士兵進入民房隱藏，伺機與大順軍展開巷戰。
最初入城的大順軍沒想到尚可喜計程車兵隱藏在民房，被他們打了一個措手不及，士兵傷亡很大。
城外的李自成收到訊息，見尚可喜如此頑抗，他下令全軍，除了在城下留有五萬士兵守衛外，全軍進入城中挨個房間清剿滿清士兵。
此時，北方的百姓也都已經剃髮，無法透過髮型區分百姓與滿清士兵。
尚可喜的手下計程車兵都已經混入了民房，換上了百姓的衣服，藏匿了武器，隨時準備衝出砍殺進門的大順士兵。
大順士兵三五人組成小隊，挨家挨戶搜尋，收繳房屋中的武器，將屋中的百姓帶出城外，嚴加盤問。
在大順軍的嚴厲清剿政策下，逐漸盤查出了大部分尚可喜的兵將。
南陽城中，漸漸沒有了抵抗。
李自成命令士兵繪製了大量的尚可喜畫像。
命令搜剿計程車兵將畫像帶在身上，對屋中的人進行挨個辨認。
又嚴格盤查了幾日，終於在城南角處的一座民房中將滿清的智順王尚可喜抓獲。
李自成聽到訊息後大喜，立刻命人將尚可喜押到他的近前。
地點仍然在唐王宮的大殿，人物同樣是尚可喜與李自成和大順軍的諸位大將。
不過，情況已經和之前完全不同。
李自成高坐主位，大順將領分列兩旁。
而尚可喜則被大順士兵強行按在地上跪倒在大殿中央。
他大聲質問尚可喜：“你個反覆無常的小人，為何要假降害我？”
尚可喜被人按住，想要掙扎著站起而不能，他抬起頭來，冷笑一聲，“你個闖賊，何敢稱帝，我深受大清皇帝隆恩，怎麼可能投降你這個流賊。”
兩邊大將聽不下去，李過跑上前去，一腳踹在了尚可喜臉上，將他踹倒在地。
“滿清的狗奴才，死到臨頭，還敢嘴硬！”
“殺了他！”
“活寡了他！”
其他大順將領大聲喊道。
李自成命人將尚可喜拖了出去，先割了他的舌頭，讓他不能再胡言亂語，之後，又命人將他凌遲處死。
對於南陽城中搜捕出來的尚可喜手下兵將，李自成也是全部斬首，一個不留。
李自成終於出了心中的一口惡氣。
他得知，洪承疇已經率領大軍奔洛陽而去後，在南陽城中短暫休整了兩日，再次率領大軍趕奔洛陽。