第三新東京市的黑暗並沒有一直持續下去，路燈逐漸亮起，照亮空曠的街道。在山坡上等待許久的真嗣和明日香終於被接回了NERV總部，至於那短暫的曖昧，真嗣表示那都是意外情況。
困在電梯裡的美里在膀胱爆炸之前被救了出來，總算是沒有真的出醜。她也慶幸著自己不在的時候沒有出什麼大問題，不然自己的位子就坐不下去了。
“那個，我還是有些不舒服，我先去醫務室看看。”見到綾波在指揮大廳中等真嗣，明日香神情有些不自然地跑開了。
綾波露出一個耐人尋味的笑容，鼻子湊到真嗣身邊嗅了嗅。
真嗣不由得心裡一慌：“啊，怎麼了？”
“回家再說——碇司令在等你了。”
跟著綾波一路來到了司令辦公室，律子和美里正從門內走了出來。
“當時他可是和我在一起啊——哦，是真嗣啊。”美里打了個招呼，擠出一個微笑。
一想到這次要和碇源堂攤牌了，真嗣內心還是有些激動的，也就沒心情多和美里說笑，點點頭就開門進去了。
“他居然會那麼嚴肅，真是少見啊。”美里自言自語道，“而且還主動來找司令，不可思議。”
律子也很是吃驚，以這對父子的關係來說，真嗣不選擇逃避而是直面碇司令，的確出人意料：“希望他們不會吵起來吧。”
此時的司令辦公室內，只有真嗣、綾波和辦公桌後的碇源堂。在白天燈火通明，在晚上則只有幾盞昏暗的小燈，也算是碇源堂的個人風格了。
“她怎麼也進來了？”碇源堂看向跟在真嗣後面的綾波。
“不礙事。”真嗣拉住綾波的小手，“反正我要說的事沒必要瞞著她，還是說——你心虛了？”
“……”碇源堂的眼鏡反射著白光，“那好吧。現在說說你的事吧。”
真嗣沒有馬上開始自己的講述，而是問道：“還是先聊聊媽媽的事吧，E計劃之前的負責人應該就是她吧？”
碇源堂沒有感到意外：“原來你記得那些事啊——不錯，唯是E計劃的第一任負責人，初號機也是在那時建造的。不過在初號機的啟動實驗中，她發生了意外，消失在了插入栓中。”
“你們沒有組織救援嗎？”
“呵。”碇源堂慘然一笑，“當然有，不過打撈行動失敗了，她再也沒有回來。我們都以為她永遠消失了，直到你給我打了那通電話。”
真嗣點點頭，目前為止的情報和他的記憶基本吻合：“綾波的出現也和這有關吧。”
碇源堂推了推鼻樑上的眼鏡：“哦？你連這個也猜到了？”
真嗣身旁的綾波也驚訝地看向他，她很清楚地記得自己並沒有告訴真嗣有關自己來歷的事。她很害怕當真嗣知道真相的時候，會接受不了這些，不過現在看來已經沒有隱瞞的必要了。
真嗣轉頭看了看有些緊張的綾波，用眼神傳達著自己的心意，同時說道：“雖然記憶已經很模糊了，但是媽媽的臉我還是有些印象的——和綾波實在是太像了，連她之前的髮型都很像，就像是一個模子刻出來的。”
“碇……”綾波的眼角閃動著異樣的光芒。
“你需不需要解釋一下這些呢？”真嗣看向碇源堂，眼中隱隱冒出怒火。綾波的悲劇可以說相當大一部分原因出自碇源堂，甚至她的誕生都是碇源堂在一手主導。
“你好像很憤怒。”碇源堂站起身來，從辦公桌後走了出來，“但是我的話說的差不多了，現在該你了吧。”
真嗣深吸一口氣：“那是對戰第八使徒的時候，當時在岩漿底下，二號機已經撤退，我心裡只有一個想法，就是打敗使徒。然後不知怎麼的，我就好像是進入了一片神奇的空間，在那裡我