此時，朱棣這邊計程車兵搜到了祠堂附近，他們發現了一些朱允炆匆忙離開的痕跡。朱棣得到訊息後，立刻趕到祠堂。他看著翻亂的箱子和開啟的盒子，臉色陰沉：“他定是從這裡逃走了，繼續搜！”
朱權在一旁提醒道：“四哥，這密道不知通向何處，若朱允炆有準備，我們可能很難找到他，而且，就算找到，如何處置也是個難題，不如當作不知道吧，也算是給咱爹一個交待。”
“哼，建文已死。”朱棣聞言也是愣了一下，轉而恢復清明，指著一旁燒焦的屍體說道，朱權順著看了過去，嘴角不由得抽了抽，連喉結都沒有。
在密道中走了許久，朱允炆和太監終於來到了出口。出口處是一片荒蕪的樹林，周圍寂靜無聲。朱允炆走出密道，回頭望去，那皇宮已在視線之外。他長嘆了一口氣，然後和太監朝著樹林深處走去。
朱棣計程車兵們在皇宮中繼續搜尋了一夜，卻一無所獲。天漸漸亮了，朱棣站在皇宮的廢墟前，心中思緒萬千，心中的他不知道怎麼去面對朱允炆，起兵的旗號是清君側，那他應該怎麼面對朱允炆，朱允炆的失蹤將會是一個隱患，但他現在已經到了皇宮，就必須要鞏固自己的統治。
他下令加強京城的戒備，同時向天下宣告自己登基的訊息，強調自己是為了大明的穩定和繁榮，是順應天命，對於那些支援朱允炆的勢力，此時的文官集團全部都站在大殿前的廣場上，此時的朱棣、朱權、朱高熾、朱高煦、朱高燧、朱瞻基站在大殿門口看著著一幕。
“方孝孺，你幫我寫一個登基詔書，我就放過你。”朱棣看著
方孝孺昂首挺胸，眼中滿是蔑視：“燕王，你莫要痴心妄想，我方孝孺深受建文陛下厚恩，豈會為你這謀逆之人書寫詔書！”
朱棣臉色一沉：“方孝孺，你不要敬酒不吃吃罰酒。你若不從，休怪本王不客氣。”
方孝孺冷笑：“哼，我早已將生死置之度外，你要殺便殺，我是不會屈服的。”
一旁的朱權見狀，輕聲對朱棣說：“四哥，方孝孺在文人中威望極高，若殺了他，恐怕會引起天下讀書人的不滿，還望四哥三思。”
朱棣眉頭緊皺，心中猶豫不決。但他深知，若不能鎮住這些支援朱允炆的勢力，自己的皇位將永無寧日。
這時，黃子澄站了出來：“燕王，你以為殺了我們就能堵住天下人的悠悠之口嗎？你篡位奪權，天理難容！”
朱棣怒目圓睜：“住口！本王是順應天命，建文昏庸，才導致天下大亂。本王起兵是為了大明江山，為了百姓福祉，傳令，方孝孺，齊泰、黃子澄首惡誅十族，方孝孺車裂。”
朱權努了努嘴沒有說話，畢竟這本來就是一場你死我亡鬥爭，或者說從建文逼得湘王騎著白馬躍進火裡自焚開始，便澆滅了所有藩王內心的最後一絲僥倖。
朱棣一聲令下，整個朝堂都被恐懼籠罩。士兵們如狼似虎地衝向方孝孺等人，欲將他們拖走。方孝孺面無懼色，在被拉扯之時，他仍大聲痛斥朱棣的惡行，他的聲音在大殿廣場上回蕩，齊泰、黃子澄同樣大義凜然，他們與方孝孺相互對視，眼中滿是堅定，在他們心中，自己所扞衛的是正統與正義，即便付出如此慘痛的代價也在所不惜，而那些文官們，有的暗自垂淚，有的怒目而視，他們都知道，這是一場血腥的政治清洗。
“其餘人流放努爾幹都司，遇赦不赦。”朱棣下令，“十七弟，你怎麼看。”
“呃，陛下英明。”朱權一句話給朱棣搞的不會了。
“十七弟，你沒話聊了？”朱棣問道，佯裝生氣。
“哦，燕王英明。”朱權只得再回了一句話。
“晚上有事嗎，沒事咱們哥倆喝點。”朱棣說道，現在在應天皇宮的他心情很是複雜。