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神機署是剛剛建立不久的衙門，收編了以前明光軍研製大炮的作坊工匠等，建制相當於甲坊署，上級衙門是軍器監，是北衙禁軍機構的一個部門。其辦事衙門就設在武功縣渭水北岸，挨著的就是明光軍兵營，此時明光軍主力還在營州作戰，兵營中只有一千餘較弱的將士守營及負責附近神機署的戒備。在大明宮玄武門內也有一個衙門，主要負責傳遞上方的政令和聯絡關係。
其長官的職務稱為令，名叫蕭旦，是個二十多歲的年輕人，他在薛崇訓面前自稱曾在親王國做過小官。薛崇訓對此人完全沒印象，不過覺得應該不會假，此人年輕就做到這個職務沒點來頭不太可能，而且因為這種小事在皇帝面前撒謊被查出來同樣是要掉腦袋的。