四百多年後，旅行者空來到了楓丹，他遇到了由瑪麗安和莉莉絲融合後又分離出來的安。
安告訴旅行者，為了拯救莉莉絲公主，她需要旅行者的幫助。
但安不知道的是，她和旅行者最終要找的瑪麗安和她本為一體的。
安是瑪麗安的夢中人，是她透過想象分離的個體。
簡單來說，可以把安看成是阿蘭的妹妹瑪麗安，然後把安眠處的瑪麗安看成院長莉莉絲。
不過嚴格來說，這個對應關係是錯的。
因為融合後再分離出來的個體，並不是原來的那個個體，這就是融合的代價。
一旦進行融合，原本的那個存在將變得模糊，從融合中分離出來的個體都是新的個體，只是帶有原來那些人的資訊，可能他們有傾向於融合前的某個人的特徵，但絕不是那個人本體。
空在安的指引下進入了純水精靈盤踞的高塔，這個高塔所通往的地方其實是瑪麗安的回憶，是瑪麗安透過想象改造猴的水仙十字院。
在那裡，他們見到了水仙十字聖劍。
這把劍雖然是一把木劍，但安卻說真正的水仙十字聖劍擁有斬斷精神與意志的能力，要通往水仙十字院的終點就需要這把劍。
在安引路下，他們最後見到了沉眠處的瑪麗安。
瑪麗安對兩人的到來非常排斥，她希望她分離出來的安擁有自己的靈魂，自己的記憶，而不是變為曾經的瑪麗安或者莉莉絲。
最終瑪麗安趕走了他們，將自己閉鎖在沉眠處的莊園裡。
安不理解瑪麗安地行為，但她想要得到更多的資訊，她打算留在安眠處探尋一番。
而在厄裡那斯體內，旅行者見到了西摩爾，阻止了雅各布再次活化厄裡那斯。
在梅洛彼得堡，旅行者見到了卡特皮拉，幫助他越獄。
在安眠處，旅行者見到了安，最終安、卡特皮拉、西摩爾聚集於水仙十字結社。
眾人一同取得了四象限，擊敗雅各布，鍛造出了“理性之聖劍”——水仙十字聖劍。
水仙十字聖劍同時擁有切割和融合精神意志的能力。
在格式塔的底層，空了解了雷內計劃的全貌。
雷內計劃在原始胎海溶解所有楓丹人時，打造聖劍，利用自身獲得的強大力量融合所有楓丹人的意志，以此獲得足以匹敵整個世界的位格。
如果楓丹的原始胎海沒有上漲，他將會親自開啟位於格式塔底層的原始胎海第二處決口，溶解所有楓丹人。
這就是雅各布在劇情裡做的事：逆轉“密合之契陣”，強行破開原始胎海的封印，讓胎海水淹沒楓丹。
然後，他將會以此強大的位格直面吞噬了胎海水的吞星之鯨，並將其擊敗。
在原始胎海之中度過的四百餘年時間，雷內用盡自己的全部力量維持自我，並以自己的精神構建了一個全新的、只存在於自己腦海中的宇宙。
在旅行者進入原始胎海後，納齊森科魯茲被喚醒。
他發現楓丹的原始胎海並沒有如預言般上漲，於是他決定透支自己的生命來容納更多楓丹人的意志。
但水仙十字聖劍擁有分離精神的力量，旅行者利用聖劍，將納齊森科魯茲的精神力量不斷削去。
最終，納齊森科魯茲被旅行者空手持聖劍削去了一切力量，並變回了雷內。
空對落敗的雷內說：“你失敗了，你的國家早已得救。”
雷內沉默了很久，說：“謝謝。”
“不後悔嗎?你所做的一切幾乎毫無用處。”
“......沒關係的，都一樣。”
隨後，雷內跟隨旅行者來到安眠處，見到了故人後平淡地離開了這個世界