相仿，與幕府的關係自然可想而知。
薩摩藩與幕府關係不佳，與現任藩主島津光久有很大的關係。此人年幼時便被送到江戶充當人質，在這邊被圈禁多年，對於幕府自然心懷怨恨。
後來他回鄉繼位之後，曾在薩摩藩境內組織開採金礦，但因為幕府幹涉而不得不終止了這條生財之路。而在他繼位前後，幕府又接連發布多道鎖國令，禁止各藩自行從事對外貿易活動，強行將外國商人集中到幕府控制下的長崎港，使得薩摩藩的地理位置優勢也因此全無發揮的機會。
俗話說斷人財路如殺人父母，島津光久三番五次被幕府針對，怨氣自然也是越來越大。不過上有政策下有對策，他也還有別的生財之道可以繞開幕府，那就是琉球國。
雖然琉球國本身沒什麼資源，但薩摩藩卻可以假託琉球國的名義，與大明等國展開貿易活動。幕府的鎖國令管得了薩摩藩，卻管不了別國，就算知道薩摩藩藉著琉球搞小動作，也對此沒什麼好的辦法。也正因為如此，薩摩藩控制琉球幾十年，卻一直都沒有吞併當地，就是要留著琉球國的名分來做擋箭牌用。
薩摩藩藉著琉球這張殼，已經做了幾十年的走私買賣，這條渠道對於薩摩藩來說是極為重要的財源。琉球復國與否，對幕府而言並無直接影響，但如果海漢讓琉球擺脫了薩摩藩的控制，那其實也就等同於削弱了薩摩藩的實力，這倒是幕府樂見其成的結果。也正因為如此，幕府對海漢使團所提的要求並未回絕，但又不想趟這灘渾水，所以才讓使團自行去找薩摩藩交涉。
至於使團先前所提的條件，如薩摩藩合作則可保留其在琉球的貿易權和產業，這就成了畫蛇添足之舉。站在幕府的角度，恐怕還巴不得借海漢之手滅了薩摩藩，就如同當年滅掉平戶藩這個不聽話的刺頭一樣。