全司，主要負責對內的安全事務。按照後世的機構設定，公安部門本來是應該與司法部門平行同級的單位，但執委會考慮到自身所處的具體情況，所謂的司法部如果沒有執法部門的全力輔助，根本就不會對普通民眾具備任何的權威性，於是最終決定把這個執法部門劃歸到司法部進行統一管理。
原軍警部所有主管警務、治安的成員，全部調入到新的公安司任職，而這個新機構的一把手職位，則是由獄警出身，剛剛當選執委的任亮出任。由於他以前在勞改營的管理工作做得非常出色，對於執委會的這個任命，也沒有任何人表示異議。
原本從屬於軍警部的歸化民保安隊，這次也將全部改旗易幟，正式更名為警察，寓意“警之與先，察之與後”。改名事小，但背後的意義卻不僅僅是更名而已，原本保安隊的性質只是地方自行組織的治安維持力量，比民團都還要低個檔次，外來的明人大多都不把這些穿黑衣的保安隊當一回事。但這次改制更名之後，公安警察便將成為常設的執法力量存在，從性質上來說就與原來的保安隊有了本質區別。
新成立的公安司除了要將以前軍警部負責的內部治安管控、勞改營體系、出入境管理、消防警衛等等工作接手過來之外，職責許可權還將會進一步地進行擴充，與民政部合作開始建立歸化民戶口制度，並模仿派出所的形式，開始在各個地區組建起基層管理單位。
當然要想按照職能分配把機構設定進一步細化，對於目前的狀況來說還比較難以實現，管理人員的不足仍然是限制組織機構完善的一個瓶頸。各個部門現在的問題並不是擔心機構的細化帶來的大量冗員，而是根本就沒有足夠多的辦事人員來實現這種功能細化。要靠著穿越集團自身的教育系統來培養人才，速度實在跟不上發展的需要，但這也只能有待於移民工作逐步推進之後，能夠從外面引進更多的可用之才。
與日漸龐大的民團作戰編制相比，公安司下屬的歸化民警察數量實在有些寒磣，僅僅只有二百餘人。但有鑑於目前武裝人員佔本地區人口的比例已經高到了一個喪心病狂的地步，任亮上任之後估計沒有太大機會能讓執委會透過擴充警隊人員的決議。因此對於任亮來說，如何能運用好有限的警力來管控轄區內的治安狀況，也將是一個難度不小的挑戰。
第二項大的機構調整，就是對軍警部了。除了將警務部門從軍警部當中剝離之外，陸海軍的劃分也是此次機構調整當中的一個重大舉措。
剝離了警務部門之後，再叫做軍警部就有些名不正言不順了，因此更名也是勢在必行的事情。不過直接更名為國防部似乎太過招搖了一些，不符合這一階段注重發展，韜光隱晦的主題。至於更名為“兵部”就更不用說了，執委會目前還沒有跟大明撕破臉直接剛正面的打算。軍方這幫人想來想去，最後還是決定使用“軍事委員會”這個聽起來功能比較模糊的名稱，對外就稱“海漢軍委”，也不易因此而犯了大明的忌諱。
陸軍部門將基本沿用原有的人員和編制，整個作戰體系的改動不大，由顏楚傑擔任陸軍部隊司令，陶東來任副司令，在援越行動中擔任副總指揮的哈魯恭任參謀長。值得一提的是前次作戰中立下赫赫戰功的錢天敦，也將升職擔任尚在紙面上的“安南殖民區獨立營”營長。
相比已經成型的陸軍部隊，新成立的海軍相對就要麻煩一點，戰船和水手倒是已經部分到位，不過海軍所面臨的最大問題並非這兩方面，而是嚴重缺乏艦船指揮人員。
軍方的人力資源雖然比較豐富，但最大的一個明顯缺陷就是沒有前海軍服役經歷的人員。幾十號當過兵的成員當中竟然沒有一個海軍編制的出身，這也算是一個不大不小的奇蹟了。
當然再怎麼困難，海軍終究還是要成立的，沒船的時候都能在勝利港自行造出