再次出動，長驅直入南下而來，心中充滿了焦慮與不安。他深知燕軍的強大，也明白自己如今的處境十分危險。與群臣商議之後，建文三年十二月，他任命駙馬都尉梅殷為總兵官，率兵鎮守淮安以拒燕軍。
梅殷乃是建文帝的姑父，也是顧命大臣之一。梅殷天性純樸正直，處事老成謹慎，精於騎馬射箭，富於謀劃策略。除此之外，梅殷還精通經史，被當時人稱為“儒宗”。他帶領士兵們，日夜堅守在淮安城，時刻準備著迎接燕軍的挑戰。
建文四年正月初一，建文帝又下旨將之前遷往蒙化的廢周王朱橚召回南京。建文帝希望他的迴歸或許能為國家帶來一絲轉機，如果戰事不利，朱允炆希望朱橚這位五叔可以幫助自己與燕王講和。
同時，建文帝見山東局面不利，下旨命魏國公徐輝祖率兵援山東。徐輝祖乃中山王徐達長子，他身長八尺五寸，面如冠玉，英姿非凡，頗有才氣。於洪武二十一年襲爵魏國公，並往山西、北平等地練兵，後回朝掌中軍都督府事。建文帝即位後，又加封他為太子太傅。
雖然徐輝祖是朱棣的大舅哥，但徐輝祖卻堅定地站在了朝廷和朱允炆一方，靖難之役爆發後，徐輝祖作為南軍主將，於白溝河之戰中掩護李景隆撤退，全師而還。之後便被調入南京，如今戰局不利，朱允炆也只能再派他出馬。
不久之後，其他幾路的南軍人馬也紛紛開始一系列動作，建文四年二月初一，南軍將領何福、平安、陳暉進兵濟寧，盛庸進兵淮上。企圖阻止燕軍南下的同時切斷南軍後路。
朱棣瞭解了南軍動向後，卻並不想與盛庸和平安糾纏，他直接派兵襲擊了南軍的餉道。讓南軍陷入困境。南軍計程車兵們沒有了糧草供應，士氣大受影響。
二月二十一日，徐州守將率兵出城迎戰燕軍意圖改變局面，但被燕軍大敗，於是退回到了徐州城中死守不出。
徐州自此閉城死守。城中的百姓們人心惶惶，他們不知道未來會走向何方。朱棣見徐州守將這般做派，便知道對方已經沒有信心和膽量正面與燕軍決戰，根本不足為慮，而且燕軍也不能拖入到攻城戰的節奏當中，於是果斷下令放棄徐州，大軍繼續南下。